A Nílus völgye a múltban mindig is természetes ökológiai folyosót, útvonalat
jelentett Afrika központi területeitől észak felé, különösen a száraz
klímaperiódusok idején. Bár a Nílus
vízhozam-változásai sok egykori település nyomait eltüntethették, a terület
- a folyamparti zóna
és az ehhez közvetlenül kapcsolódó vidék - az írott források és a
régészet i adatok tanúsága szerint alapvető emberi életteret jelentett már a
történelem előtti időkben is.
A legkorábbi emberi megtelepedés nyomai a Nílus-teraszok változásai, valamint a
sivatagi erózió nyomán gyakran felszínre kerültek, az így előkerült
pattintott kőszerszámok azonban ritkán maradtak eredeti helyzetben. Az alsó
paleolitikum időszakából (Kr. e. 500.000 - 100. 000) főként a szakócák
különböző változatai maradtak fenn. Az őskőkor középső szakasza (Kr. e.
80.000 - 35.000) az ún. Levallois-szilánktechnológiával
jellemezhető, melynek alkalmazásával sokféle szerszámot, kaparókat,
lándzsahegyeket is készítettek. Az egykori vadászok településeinek nyomai
gyakran a sivatagi tanúhegyek tetején kerültek elő.
A felső paleolitikum során a megelőző korszak eszközfajtáinak helyét egyre
inkább a pengeeszközök vették át. A térségben előkerült legrégebbi temetők
ebből az időszakból maradtak fenn.
Az őskőkor végső szakaszának jellegzetes
eszközei, a geometrikus mikroeszközök - háromszögletű, vagy félhold alakú
pengék, kis méretű nyílhegyek - mellett az ún.
"Kartúm-mezolitikum" (Kr. e. 8000 körül) néven elkülönített
régészeti kultúra már a termelő gazdálkodás felé tartó fejlődés korai példája:
megjelentek a háziasított juh - és kecske félék, emellett a halászat is
kiemelt szerepet játszott. Az anyagi kultúrában a kerámia elterjedése jelentett
alapvető változást.
A neolitikum idején a társadalom fokozatos a differenciálódására utalnak a
nagy sírszámú temetőkben tapasztalható különbségek. Először láthatók olyan tárgycsoportok
(például elefántcsont ékszerek, a Vörös-tengerből származó kagylók, stb.),
melyek kifejezetten luxusigény meglétére utalnak. A települések, melyek főként
az egykori Nílus-parton helyezkedtek el, hosszú ideig lakottak voltak.

Az Kr. e. 3500 - 2700 közötti időszakban létezett
"Pre-Kerma-kultúra" talán már a legkorábbi felső-núbiai királyság emléke
lehet. A korszak nagyméretű, kerek alaprajzú házakból álló települését Kerma
mellett tárták fel. A leletanyag kapcsolatot mutat Alsó-Núbiával, egyiptomi
hatásnak nincs nyoma, bizonyos egyiptomi lelőhelyeken jelen lévő tárgyak
viszont erről a területről származhatnak.
Alsó-Núbiában ugyanebben az időszakban jelent meg az ún. "A
csoport", amely magasan fejlett kultúrája, folyamatos kereskedelmi kapcsolatban állt a
Predinasztikus-kori Egyiptommal. A Kr. e. 3. évezred elején az egyiptomi
Archaikus kor és Óbirodalom uralkodói hódító hadjáratokkal terjesztették ki
uralmukat Alsó-Núbiára. A hadjáratok után évszázadokig csak minimális
bennszülött régészeti anyag ismert erről a területről, amely valószínűleg
drasztikus népességcsökkenésre utal.
Az egyiptomi Óbirodalommal egy időben, Kr. e. 2500 körül, a 3. katarakta környékén egy új bennszülött királyság jött létre. A fővárosáról elnevezett Kerma Királyság az időnkénti háborúktól eltekintve folyamatos kereskedelmi kapcsolatban állt a szomszédos Egyiptommal. Kerma királyai uralták a Belső-Afrikából a Földközi-tenger felé irányuló luxuscikkek: elefántcsont, különleges fafajták, állatbőrök, drágakövek , fűszer- és gyógynövények kereskedelmét. A 3. kataraktánál fekvő fővárosban, a Kr. e. 2. évezred elején központi műhelyek gyártották a vékony falú, fényezett felületű kerámiát, elefántcsont-faragványokat és egyéb kézműves luxustermékeket. Kermában a királyság utolsó időszakában az uralkodókat óriási pompával, gyakran több tucat, sőt egy alkalommal több mint háromszáz leölt kísérővel együtt temették el hatalmas sírdombjaikba.

Alsó-Núbiában a Kr. e. 2. évezred második felében új kulturális csoport, az úgynevezett "C csoport" népessége jelent meg. Ez a gazdag, valószínűleg elsősorban szarvasmarha -tenyésztéssel foglalkozó népesség kulturális kapcsolatban állt a Kerma kultúrával. A egyiptomi Középbirodalom uralkodói a Kr. e. 19. században ismét kiterjesztették uralmukat Alsó-Núbiára és 2. katarakta vidékén hatalmas, téglából épült erődrendszert hoztak létre (Semma, Kumma, Uronarti, Buhen) a Kerma Királyság elleni védekezésül. Az erődrendszer és Alsó-Núbia a Középbirodalom bukása után a Kerma Királyság befolyási övezetébe került.
Kerma virágzásának az Újbirodalom fáraóinak hódítása vetett végett, akik Kr. e. 1550- től fokozatosan meghódították Núbiát, egészen az 5. katarakta vidékéig. Núbia a fáraók igazi kincsestárává vált, ahonnan évről évre hatalmas mennyiségű arany, drágakő és elefántcsont áramlott Egyiptomba. Az új tartományban domborművekkel és hieroglif feliratokkal díszített kőtemplomok épültek az egyiptomi istenek tiszteletére, de úgy tűnik, hogy - elsősorban a déli területeken - az ősi törzsi vezetők megtartották hatalmukat az egyiptomi hivatalnokok mellett. A núbiai harcosok is az egyiptomi hadsereg fontos részét alkották.
Az Újbirodalom bukása után az egyiptomi neveltetésű helyi arisztokrácia ragadta magához a hatalmat, amelynek soraiból Napata környékének uralkodói a Kr. e. 8. század első felére új, erős bennszülött királyságot hoztak létre. A Napata Királyság uralkodói Kr. e. 743 körül kiterjesztették uralmukat Egyiptomra is, és mintegy 80 évig núbiai fáraók ültek Egyiptom trónján. Az észak- déli irányban több mint 1600 km kiterjedésű birodalom óriási gazdasági és kulturális fellendülés kora volt Núbia számára. A Nílus mentén minden jelentősebb városban kő- és agyag tégla templomok, királyi paloták és nagy kereskedelmi raktárak épültek. Az egyiptomi nyelvben jártas núbiai papság hieroglif feliratokban örökítette meg az uralkodók tetteit, ugyanakkor az egyiptomi és afrikai formák, hagyományok ötvözéséből lassan új, saját művészeti nyelv született. A kusita kultúra önálló jellege tovább erősödött, miután Napata uralkodóit az asszír seregek, majd a felemelkedő szaiszi uralkodók (XXVI. dinasztia) seregei Kr. e. 664 után fokozatosan kiszorították Egyiptomból. A XXV. dinasztia fáraói és utódaik, valamint a királyi család előkelői a 4. katarakta közelében található Napata környékén temetkeztek, festett, szent szövegekkel ellátott sírkamráik fölé piramis ok épültek.
Jelenlegi ismereteink alapján a Napata Királyság hatalmi centruma az évszázadok folyamán egyre jobban dél felé, az 5. és 6. katarakta közötti szavannás terület irányába tolódott. A birodalom a Kr. u. 3. század első felében Meroitikus Királyság néven újult meg. A királyság legfontosabb hatalmi központja ekkor már a Kartúmtól északra található Meroé városa volt, ahová az uralkodók és családtagjaik is temetkeztek.

Meroé királyai felügyelték a belső-afrikai kereskedelmet, feliratokkal és reliefekkel díszített kőtemplomaik, palotáik és piramisaik nagy gazdagságról tanúskodnak.

Meroé diplomáciai és kulturális kapcsolatban állt a mediterrán világgal és az Egyiptomot elfoglaló Római Birodalommal is. A meroitikus kultúra saját különleges formakincset és stílust hozott létre. A monumentális kőépítészet, a kerámiafestés és más művészeti ágak mellett fontos kulturális vívmány volt, hogy a meroéi írnokok a Kr. e. 2. században sajátos ábécén alapuló írásrendszert hoztak létre nyelvük leírására. A meroitikus írás fokozatosan átvette a korábbi egyiptomi nyelvű feliratok helyét.
A Meroitikus Királyság hanyatlása a kr. u. 4. század elején kezdődött, ahogy az etiópiai Akszum királyság felemelkedésével a középső Nílus-völgy fokozatosan elvesztette jelentőségét az afrikai kereskedelemben. Alsó-Núbia a meroitikus kor idején többször cserélt gazdát. A terület egy része hosszabb-rövidebb ideig a hellenisztikus Egyiptomhoz és azt elfoglaló Római Birodalom határövezetéhez tartozott.
A Meroitikus Királyság hanyatlásában minden bizonnyal nagy szerepet játszottak
azok az új népcsoportok is, amelyek a délről induló népvándorlások során
érkeztek Núbiába, illetve a Núbiai-sivatagból kiinduló támadásokkal
veszélyeztették a Nílus-völgy lakosságát (noba, blemmyes csoportok ).
Ezek a barbár törzsek a Kr. u. 4. századtól új királyságokat alapítottak a
Meroitikus Birodalom romjain. Az új királyok a Bizáncból és Egyiptomból érkező
hittérítők hatására a Kr. u. 6. században keresztény hitre tértek, és számos
kolostort alapítottak.
A núbiai templomok falán ránk maradt gyönyörű falfestmények a korszak
művészeinek páratlan tehetségét dicsérik. Núbia területén északról dél felé
haladva három királyság alakult: Nobadia, Makuria és
Alodia (Alwa). Nobadia
az 1. és 3. katarakta között jött létre, legfontosabb városa Faras volt.
Nobadia a 7. század végén egyesült a Makuriával. Makuria a 3. kataraktától
délre helyezkedett el, fővárosa Old Dongola volt. Alwa királyai uralták Butánát
és az ettől délre fekvő területeket, fővárosuk Soba volt.
A keresztény királyságok lakói egészen a 14. századig megtartották vallásukat,
amikorra a lakosok nagy része iszlám követője lett. A magaslatokon épült
hatalmas erődök a középkori keresztény királyságok, majd a muszlim kor
politikai bizonytalanságaira utalnak.

Egyiptom muszlim uralkodói már 9. - 10. század tól kezdve fokozatosan egyre délebbre terjesztették ki befolyási övezetüket Alsó-Núbiában. Ezzel párhuzamosan fokozódott a déli területek iszlamizációja is. A 14. század ban a Dongola központú Makuria királyság összeomlott, közel ebben az időben az Alwa királyság is felbomlott a déli területeken. Észak-Núbiában, az erős egyiptomi dominancia mellett kisebb fejedelemségek jöttek létre, délen viszont a "Funj" etnikum által dominált, fővárosáról elnevezett Sennari Királyság jött létre. A "Fekete Kalifátus" uralkodói a 16. században muszlim hitre tértek. 1821-ben Egyiptom török reformer pasája, Mohammed Ali elfoglalta egész Núbiát. Miután a 19. század folyamán Egyiptom brit befolyás alá került, Núbiában is London gyakorolta a vezető szerepet mindaddig, amíg az 1880-as években a magát Mahdinak (Messiásnak) nevező Muhammad ibn Abdallah nevű vallási vezetővel az élén felkelés nem tört ki. Kartúm 1885-as ostrománál meghalt az angol Gordon tábornok. A lázadást végül Lord Kitchener vezetésével angol-egyiptomi csapatok verték le 1898-ban. Szudán és Núbia angol-egyiptomi kondomínium maradt egészen Szudán 1956-os függetlenségéig.